為了在茶樹中開發(fā)EST-SSRs功能性標記，利用生物信息學方法對NCBI網上公開的3288奈茶樹（Camellia subebsus）ESTs序列進行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列，得到非冗余序列2083條。在非冗余序列中發(fā)現(xiàn)含不同重復基元SSRs的EST序列有385條，共486個EST-SSRs，平均相隔2．10kb出現(xiàn)1個SSR。在2～6bp的重復基元中，二核苷酸重復基元的SSRs出現(xiàn)頻率最高（51．97％），其次是三核苷酸（19．55％）。對所有的重復基元類型進行統(tǒng)計分析發(fā)現(xiàn)，所占比例最高的是AG／CT（47．74％），其次分別是AT／TA（4．73％）和AAG／CTT（4．73％）。利用Prime5軟件，設計了206對EST-SSRs引物，隨機選用72對引物進行SSR擴增，發(fā)現(xiàn)31對引物可以擴增出條帶，其中29對引物具有多態(tài)性，多態(tài)性比率為93．5％。這些EST-SSRs將有助于茶樹基因組學方面的研究。
完成機構：[1]中國農業(yè)科學院茶葉研究所／國家茶樹改良中心,杭州310008 [2]南京農業(yè)大學,南京210095
