近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所茶樹遺傳育種團隊基于“龍井43”基因組參考序列和茶樹重測序數(shù)據(jù)，開發(fā)出一款生物芯片，命名為200K茶樹SNP(single nucleotide polymorphism，單核苷酸多態(tài)性)芯片。相關(guān)研究成果在《植物生物技術(shù)雜志》(Plant Biotechnology Journal)上發(fā)表。
該芯片是首款茶樹高密度SNP芯片，以“龍井43”(雌性)和“白毫早”(雄性)F1群體為材料，該芯片能夠?qū)?8226個SNP位點繪入圖譜，獲得5325個bin-marker，連鎖圖譜總長度為2107.01厘摩，相鄰標(biāo)記平均遺傳圖距為0.39厘摩，構(gòu)建了目前遺傳密度最高的連鎖圖譜。
茶樹高密度SNP芯片的開發(fā)及在基因發(fā)掘與進化上的應(yīng)用 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所供圖
實驗驗證表明，該芯片可以有效定位關(guān)鍵QTL位點，發(fā)掘茶樹重要功能基因。利用其對不同茶樹品種的SNP分型研究，發(fā)現(xiàn)茶樹大葉種和小葉種之間的兩個強選擇位點，對揭示茶樹品質(zhì)調(diào)控關(guān)鍵基因和兩個變種間的進化關(guān)系具有重要意義。該研究得到國家重點研發(fā)項目、中國農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程、國家自然科學(xué)基金等項目的支持。
來源: 科技日報 作者: 馬愛平 張璐君 王麗鴛
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